События данного сюжета происходят задолго после действий фильма "Люди Икс: Последняя Битва".

Люди Икс
Руководство над школой приняла Шторм в сотрудничестве со Зверем и Росомахой. Школа продолжает яро выступать в поддержку прав мутантов, при этом заключив договор с государством о неприкосновенности, взамен на помощь мутантов школы Ксавьера в разрешении межрасовых конфликтов между простыми людьми и мутантами. Школа для одаренных продолжает принимать учеников, вместе с тем устраивая многочисленные вылазки "на поле боя", где балом правит теперь Эмма Фрост.
Братство Злых Мутантов
Как и говорилось выше, Братством руководит Эмма Фрост, являющаяся основной фавориткой Гидеона Тревора. На данный момент Братство по силе превосходит Людей Икс, что играет им на руку. Мисс Фрост продолжает путь мутантов к превосходству над человечеством. Магнито находится в психиатрической лечебнице под усиленным контролем, откуда готовит побег. Мистика, узнав местонахождения бывшего босса и любовника, спешит помочь ему освободиться из плена людей.
***
А между тем основные действия разворачиваются вокруг новой фигуре в этой игре - Мистера Злыдня. Приготовив сыворотку, возобновляющую действие икс-гена, Синистер пока скрывает ее от всех, понимая, что теперь в его цепких лапах судьбы миллионов. Набирая себе союзников, Злыдень не спешит делиться со всеми своими "планами на будущее", а его действия ввергают в шок не только простых смертных, но и многих мутантов. Каким-то образом, Злыдню удается попасть в конгресс, здесь-то и начинается все веселье. Мало того, что он спонсирует проект "Свобода от мутации", так он еще и помогает правительству вылавливать мутантов. Однако это лишь отвлекающий маневр. Неизвестно, на чью сторону встанет злодей в итоге, и станет ли он вообще выбирать? Может быть, ему даже лучше воевать с нейтральной позиции? Против всех? Или же за всех понемногу? Ходят слухи, что Синистер собирает собственною армию. Неизвестно, что выйдет из этой треугольной войны, но одно ясно точно - если понадобиться, Злыдень не поскупиться ни людскими жизнями, ни жизнями братьев-мутантов.